滤光片是塑料或玻璃片再加入特种染料做成的，红色滤光片只能让红光通过，如此类推。玻璃片的折射率原本与空气差不多，所有色光都可以通过，所以是透明的，但是染了染料后，分子结构变化，折射率也发生变化，对某些色光的通过就有变化了。
滤光片的作用是在生物医学荧光检验中分离和选择物质的激发光与发射荧光的特征波段光谱。一般由三个透镜组成：激发滤光片（EX）、二向色镜和发射滤光片(EM)，他们都至于滤光片盒中（Cube）。
滤光片的作用是使激发光能够有效的通过，而避免外界荧光波段的光线进入滤光片盒，二向色镜的作用主要是分光，反射激光使其照射样品，同时又能够让样品产生的荧光通过，达到发射滤光片，作用是进一步滤掉激发光和其它杂散光，使系统得到比较纯粹的荧光信号。
所有的光学元件都是精密的，应当尽可能小心的取放，尽量不要触摸表面。如果表面因为使用残留了污渍，建议按照下面办法进行清理：
1、用适当压力的无油空气或氮气清除表面的灰尘等。
2、手指戴上无尘指套，用无水乙醇(或者类似功能溶剂)浸湿毛巾，拖动浸湿乙醇的毛巾边缘，在表面朝单一方向移动。擦拭过程中尽可能用力轻些，太大的压力可能破坏滤光片表面。使用溶剂的目的是溶解表面残留物中粘性附着物。表面膜层强度不如基板。应当预见任何清洗都可能会在微观水平上降低表面等级。
